L'activité principale de l'entreprise consiste cependant dans la fabrication de médicaments. Les traitements proposés par Sanofi sont centrés sur les maladies rares, la sclérose en plaques, le cancer, le diabète et les maladies auto-immunes, infectieuses et cardiovasculaires. Ainsi, le secteur pharmaceutique génère les quatre cinquièmes du chiffre d'affaires total du groupe. Le produit phare du groupe, le Lantus, une insuline longue durée, engendre à lui-même 15 % du chiffre d'affaires global qui s'élève à près de 40 milliards d'euros.
Sur les 106.000 salariés du groupe, environ 45 % sont employés en Europe. La plupart des effectifs travaillent dans la branche pharmaceutique, tandis qu'environ 15.000 personnes sont employées dans la branche des vaccins.
Le chiffre d'affaires de l'activité vaccins s'élève à environ 4,5 milliards d'euros. Sanofi Pasteur, la division « vaccins » du groupe, est le leader mondial dans ce domaine. Depuis son siège mondial implanté à Lyon, Sanofi Pasteur commercialise chaque année plus d'un milliard de doses de vaccins contre la grippe, la polio, la coqueluche, les méningites, les pneumonies et des vaccins pour les voyageurs. Ainsi, le groupe est à l'origine des vaccinations de 500 millions de personnes par an dans le monde entier. Récemment, le groupe a mis sur le marché le tout premier vaccin contre la dengue. Produit en France et autorisé depuis 2015 dans plusieurs pays touchés par la dengue, tels le Brésil, le Mexique ou encore les Philippines, le Dengvaxia a engendré environ 55 millions d'euros en 2016.
