Le 19 mai 2001, les deux premiers Apple Stores ouvraient leurs portes, respectivement au Tyson Corner Mall en Virginie et à Glendale en Californie. Le style de ces premières boutiques d'Apple étaient bien différent de leur configuration actuelle, comme on peut le voir dans une présentation des locaux faite par Steve Jobs sur YouTube. Le design caractéristique du concept store, avec les tables en bois et le revêtement en béton, n'est en fait apparu qu'à partir de la troisième enseigne du groupe, ouverte à Pasadena en 2003.
Vingt ans après l'ouverture de ses premiers magasins, l'entreprise a parcouru bien du chemin et compte aujourd'hui 511 Apple Stores répartis dans un total de 23 pays - dont plus de la moitié aux États-Unis. Le deuxième pays qui en compte actuellement le plus est la Chine, avec 50 établissements. En France, il existe actuellement 20 Apple Stores - dont 9 rien qu'en Île-de-France. Le premier de l'Hexagone a ouvert ses portes en novembre 2009 dans la galerie marchande du Louvre à Paris.